Tischer recibió sus primeras lecciones del organista de la iglesia del pueblo, Johann Balthasar Rauche. En 1722 sus patrocinadores lo colocaron como escribano en Halberstadt, donde también recibió formación musical en piano del organista de la catedral Johann Graf. En Arnstadt y Rudolstadt continuó su formación en composición, violín y viola d’amore con el maestro de capilla Schweitzelberg y nuevamente con Graf en Rudolstadt. También dominaba el oboe: después de viajar a Erfurt, Blankenburg, Braunschweig (Brunswick), Hamburgo, Berlín y Dresde. También estudió con J.S. Bach en Leipzig en 1726.

En 1728 se unió al regimiento de guardias del duque August Wilhelm von Braunschweig como oboísta y violinista. Después de la bmuerte del duque en 1731 se convirtió en organista de la corte y de la ciudad de Schmalkalden, cargo que ocupó hasta el final de su vida. A partir de 1765, Tischer estuvo enfermo y fue reemplazado cada vez más por su alumno Johann Gottfried Vierling, quien recibió el puesto en 1768 y se convirtió en su sucesor después de la muerte de Tischer en 1774.

En su juventud, las actividades compositivas de Johann Nikolaus Tischer se centraron en la música religiosa; después de 1732 dividió sus esfuerzos entre la música para teclados y la música orquestal. En su producción destacan especialmente las colecciones pedagógicas para jóvenes pianistas y los conciertos para piano, violín y oboe, instrumentos en los que él mismo destacó. Aunque sus obras para teclado fueron muy publicadas y apreciadas durante su vida, los eruditos modernos generalmente han descartado sus obras como superficiales y de poca importancia. Tischer compuso dos sonatas para violín, sinfonías y oberturas. Escribió suites, divertimentos, partitas y conciertos para clavecín.

A lo largo de su vida, Tischer fue popular como compositor, lo que influyó especialmente en el valor educativo de sus obras para piano. Investigaciones posteriores, por el contrario, consideraron que estas obras eran ‘faltas de contenido, triviales, muy vagas en la forma y extremadamente homofónicas’.